Biuletyn Szpitalny · Diagnostyka Laboratoryjna
Rocznik XII · Nr 3/2026 · Praca poglądowa
Patomorfologia i diagnostyka molekularna
Praca poglądowa · diagnostyka zakażeń w patomorfologii

Trzy pytania zamiast jednego: zintegrowana diagnostyka Helicobacter pylori w materiale histopatologicznym

Od rozdziału wycinków do pojemników, przez stopień OLGA i OLGIM, po genotyp oporności na klarytromycynę oznaczony z tego samego bloczka parafinowego — z propozycją algorytmu refleksowego HpFFPE-R oraz wskaźnika jakości przedanalitycznej Hp-PAQI.

Autor korespondencyjny Zakład Patomorfologii · Pracownia Diagnostyki Molekularnej praca poglądowapropozycja autorska
Streszczenie

Rozpoznanie zakażenia Helicobacter pylori w materiale histopatologicznym bywa sprowadzane do pytania, czy w preparacie widać bakterie. Praca dowodzi, że jest to pytanie niewystarczające, i porządkuje zagadnienie wokół trzech pytań, na które współczesny raport powinien odpowiadać: o obecność zakażenia, o stopień zaawansowania zmian przedrakowych i o lekowrażliwość szczepu.

Omówiono granice wykrywalności barwień zależnie od gęstości kolonizacji, powtarzalność oceny parametrów zaktualizowanego systemu Sydney, znaczenie rozdziału wycinków do osobnych pojemników dla wyliczenia stopnia OLGA i OLGIM oraz możliwość oznaczenia mutacji genu 23S rRNA bezpośrednio z bloczka parafinowego. Wskazano aktualną rozbieżność między wytycznymi MAPS III z 2025 r. a zaleceniami PTG-E z 2023 r. w sprawie wycinka z wcięcia kątowego.

Zaproponowano algorytm refleksowy HpFFPE-R oraz pięciopunktowy wskaźnik jakości przedanalitycznej Hp-PAQI, kwalifikujący wiarygodność wyniku ujemnego. Oba elementy są propozycją autorską i wymagają walidacji prospektywnej.

Słowa kluczowe · Helicobacter pylori · zaktualizowany system Sydney · OLGA · OLGIM · oporność na klarytromycynę · 23S rRNA · materiał FFPE · jakość przedanalityczna
3,9%
Zgodność z protokołemzestawów wycinków spełniało wymóg osobnych pojemników w analizie 400 738 badań 5
14,8 : 6,0%
Cena etykietywykrywalność zakażenia przy zgodności z protokołem i bez niej 5
41%
Efekt IPPchorych, u których po 4 tygodniach leczenia bakterie zniknęły z antrum, pozostając w trzonie 18
94,1%
Genotyp z bloczkazgodność oznaczenia oporności na klarytromycynę z FFPE z antybiogramem 20

01Wynik, którego nie da się zinterpretować

Zdanie „nie stwierdzono drobnoustrojów o morfologii Helicobacter pylori” jest najczęstszą konkluzją badania wycinka żołądka i jednocześnie zdaniem, którego klinicysta nie potrafi zinterpretować. Nie wiadomo bowiem, czy oznacza ono brak zakażenia, czy brak zakażenia wykrywalnego użytą metodą, w materiale, który wpłynął do pracowni. To rozróżnienie nie jest scholastyczne: przekłada się na to, czy chory dostanie antybiotyk i czy zostanie objęty nadzorem.

Skalę problemu pokazuje analiza 400 738 zestawów wycinków żołądka. Tylko 3,9% spełniało wymóg zaktualizowanego systemu Sydney — co najmniej dwa wycinki z antrum i dwa z trzonu przesłane w osobnych pojemnikach; blisko jedna czwarta nie miała żadnego oznaczenia topograficznego. Wykrywalność zakażenia w zestawach zgodnych z protokołem wyniosła 14,8%, a w pozostałych — 6,0% 5. Ta sama pracownia, te same barwienia, ta sama wiedza; różnicę robi pojemnik i etykieta.

Teza tej pracy jest następująca: raport z wycinka żołądka powinien odpowiadać nie na jedno pytanie, lecz na trzy — czy jest zakażenie, jakie jest ryzyko nowotworzenia i czy planowany antybiotyk zadziała. Wszystkie trzy odpowiedzi można dziś uzyskać z jednego bloczka parafinowego, bez hodowli i bez powtórnej endoskopii. Poniżej omawiam każde z pytań, a następnie przedstawiam autorską propozycję protokołu HpFFPE-R oraz wskaźnika Hp-PAQI, który czyni wynik ujemny wynikiem interpretowalnym.

02Pytanie pierwsze: czy jest zakażenie?

Bakteria bytuje w warstwie śluzu i przy biegunie szczytowym nabłonka dołeczkowego, kolonizując błonę śluzową ogniskowo. Mapowanie topograficzne u chorych zakażonych wykazało mniej niż 3% wyników fałszywie ujemnych na wycinek z antrum wobec 6–9% na wycinek z trzonu 7.

Osobnym zagadnieniem jest granica wykrywalności metody. W badaniu z wewnętrzną kontrolą, w którym u tych samych chorych porównano trzy barwienia na preparatach zakodowanych, czułość przy dużej gęstości bakterii wynosiła 96–98% dla każdego z nich — ale przy gęstości małej spadała do 64–70%, niemal jednakowo dla hematoksyliny z eozyną, Giemsy i barwienia Genty 10. Przewaga barwień dodatkowych leży zatem w swoistości i szybkości odczytu, a nie w ratowaniu przypadków skąpokomórkowych.

Schematyczne obrazy morfologii Helicobacter pyloriTrzy rysunki poglądowe: formy spiralne, ziarniakowate oraz obraz po odczynie immunohistochemicznym.TRZY OBRAZY, TRZY GRANICE WYKRYWALNOŚCIAGiemsa — zakażenie czynneSpiralne pałeczki w śluzie, przy biegunie szczytowym nabłonka.BPo leczeniu IPP — formy ziarniakowatePostacie kokoidalne trudne do odróżnienia od detrytusu.COdczyn immunohistochemicznyZnakuje także formy ziarniakowate — stąd zalecenie po leczeniu.
Ryc. 1. Trzy sytuacje morfologiczne, trzy różne granice wykrywalności. Formy spiralne (A) rozpoznaje się w H+E; po leczeniu przeważają formy ziarniakowate (B), których barwienia histochemiczne często nie różnicują od detrytusu; odczyn immunohistochemiczny (C) znakuje także je.Ryciny schematyczne — grafika autorska wygenerowana programowo. Nie są mikrofotografiami i nie przedstawiają rzeczywistego materiału biologicznego.

Spór o to, czy barwienie dodatkowe wykonywać wyprzedzająco na każdym wycinku, jest realny i nierozstrzygnięty. Towarzystwo patologii przewodu pokarmowego zaleca podejście warunkowe 11, co podpiera badanie prospektywne 379 wycinków: wszystkie przypadki dodatnie miały gęsty powierzchowny naciek limfocytarno-plazmocytowy, a rezygnacja z barwienia odruchowego zastąpiła 379 barwień miesięcznie około 20 odczynami immunohistochemicznymi 12. Stanowisko przeciwne opiera się na największym zbiorze danych: wśród 731 193 badań z wyprzedzającym odczynem odsetek wyników dodatnich wyniósł 10,2% wobec 7,0% 13 — ramiona tego porównania są jednak skrajnie niezrównoważone i nierandomizowane.

03Pytanie drugie: jakie jest ryzyko?

Zakażenie samo w sobie nie jest wskazaniem do nadzoru — jest nim stopień zaawansowania zmian. Systemy OLGA i OLGIM przekładają nasilenie zaniku (odpowiednio: metaplazji jelitowej) w antrum i w trzonie na jeden stopień od 0 do IV. W kohorcie 7436 chorych obserwowanych średnio 6,3 roku zapadalność na nowotwór wynosiła 19,1 na 1000 osobolat w stopniu III i 41,2 w stopniu IV, wobec 0,60 w całej kohorcie; stopień OLGA był jedynym niezależnym czynnikiem predykcyjnym w analizie wieloczynnikowej 8.

Mapa biopsji żołądka według zaktualizowanego systemu SydneySchemat żołądka z zaznaczonymi pięcioma miejscami pobrania wycinków i podziałem na trzy pojemniki.przełykdwunastnicaodźwiernikTRZONANTRUMwcięcie kątoweC1C2IA2A1PIĘĆ WYCINKÓW, TRZY POJEMNIKIRozdzielenie materiału jest warunkiem oceny stopnia OLGA/OLGIM —z jednego wspólnego pojemnika stopnia zaawansowania nie da się wyliczyć.APojemnik A — część odźwiernikowa2 wycinki: krzywizna większa i mniejsza,2–3 cm od odźwiernikaIPojemnik I — wcięcie kątowe1 wycinek; miejsce najwcześniejszegozaniku i metaplazji jelitowejCPojemnik C — trzon2 wycinki: krzywizna większa i mniejsza;rezerwuar bakterii po leczeniu IPPDlaczego pięć, a nie dwaKolonizacja jest ogniskowa. Przy dwóch wycinkach z jednej okolicy część zakażeńpozostaje nierozpoznana; heterogeniczność wyników w metaanalizie malała dopiero przypobraniu z antrum i trzonu jednocześnie.
Ryc. 2. Topografia pobrania i rozdział materiału. Pięć wycinków według zaktualizowanego systemu Sydney, rozdzielonych do trzech osobno oznakowanych pojemników. Wytyczne MAPS III z 2025 r. uznają wycinek z wcięcia kątowego (I) za opcjonalny; zalecenia PTG-E z 2023 r. — nadal za należny.Opracowanie własne na podstawie 4 (protokol), 3 i 2 (wytyczne). Rycina schematyczna, nie odwzorowuje proporcji anatomicznych.

Wyliczenie stopnia wymaga wiedzy, z której okolicy pochodzi każdy wycinek — i tu wracamy do pojemników. Materiał zlany do jednego naczynia jest dla OLGA bezużyteczny. Pominięcie samego wycinka z wcięcia kątowego zaniżało stopień u 18% chorych ogółem, ale aż u 30–35% chorych ze stopniami wysokiego ryzyka 6 — czyli tam, gdzie błąd kosztuje najwięcej.

W tym punkcie zalecenia się rozeszły. Wytyczne MAPS III z 2025 r. uznały wycinek z wcięcia za opcjonalny, powołując się na metaanalizę, w której jego dodanie nie zwiększało istotnie wykrywalności wysokiego stopnia OLGA (OR 1,15; 95% CI 0,99–1,34) 3. Zalecenia PTG-E z 2023 r., obowiązujące w Polsce, opisują protokół pięciowycinkowy wraz z wcięciem 2. Rozbieżność jest pozorna tylko częściowo: polski dokument poprzedza MAPS III. Do czasu jego aktualizacji bezpieczniej pobierać wycinek z wcięcia, zwłaszcza przy podejrzeniu zmian zaawansowanych.

Wiarygodność oceny morfologicznejDwa panele: czułość barwień zależnie od gęstości bakterii oraz powtarzalność oceny.LUKA MAŁEJ GĘSTOŚCICzułość u tych samych chorych, preparaty zakodowane60%70%80%90%100%Hematoksylina i eozyna7098Giemsa (zmodyfikowana)6496Barwienie Genty6697mała gęstość bakteriiduża gęstość bakteriiPrzy skąpej kolonizacjiwszystkie trzy barwieniazawodzą podobnie.POWTARZALNOŚĆ OCENYZakres współczynnika kappa w badaniach zgodności0,00,51,0zgodność co najmniej znacznaMetaplazja jelitowa0,70–0,90Gęstość H. pylori0,59–0,95Zapalenie przewlekłe0,38–0,83Aktywność (neutrofile)0,22–0,83Zanik gruczołów0,04–0,64κ 0,04 → 0,64po jednej sesji wspólnego przeglądu preparatów — bez nowej technologii
Ryc. 3. Dwie granice wiarygodności morfologii. Po lewej — czułość trzech barwień u tych samych chorych, przy preparatach zakodowanych i losowo uporządkowanych: przy skąpej kolonizacji wszystkie zawodzą podobnie. Po prawej — powtarzalność oceny pięciu parametrów oraz efekt jednej sesji uzgodnieniowej na najsłabszym z nich.Opracowanie własne; dane za 10 (panel lewy) oraz 14–17 (panel prawy).

Ocena stopnia ma wreszcie własną, rzadko omawianą słabość — powtarzalność. Zanik gruczołów, parametr decydujący o stopniu OLGA, osiąga κ 0,49–0,64, a w jednym badaniu wyjściowo zaledwie 0,04 14–17. To dlatego zaproponowano OLGIM: zastąpienie zaniku metaplazją kupuje powtarzalność kosztem czułości 9.

04Pytanie trzecie: czy klarytromycyna zadziała?

W europejskim badaniu z 2018 r. średnia oporność na klarytromycynę wynosiła 21,4%, a wynik dla Polski — 28,5%, czwarty najwyższy spośród osiemnastu krajów (lewofloksacyna 15,5%) 24. W polskiej kohorcie z lat 2016–2018 oporność pierwotna była wyższa u dzieci (54,5%) niż u dorosłych (30,6%) 29 — odwrotnie, niż zwykle się zakłada. Konsensus Maastricht VI zaleca oznaczenie lekowrażliwości przed każdym schematem zawierającym klarytromycynę 1; przy takich odsetkach empiryczne podanie makrolidu jest w Polsce trudne do obrony.

Rozwiązaniem, które nie wymaga ani hodowli, ani powtórnej endoskopii, jest oznaczenie mutacji genu 23S rRNA z tego samego bloczka parafinowego, na którym postawiono rozpoznanie. Skuteczność amplifikacji z materiału FFPE wynosi 84–95% 21,22, a zgodność z fenotypowym antybiogramem — 94,1% dla klarytromycyny 20. W badaniu z oceną wyniku klinicznego niepowodzenie eradykacji wystąpiło u 0 z 15 chorych bez mutacji, u 19% z mutacją w jednym genie i u 69% z mutacjami w kilku genach 21.

Trzy pułapki, o których łatwo zapomnieć

Uczciwość wymaga dodania, że terapia celowana nie jest cudownym środkiem. Wobec suboptymalnej terapii potrójnej daje przewagę (RR 1,12; 95% CI 1,08–1,17), ale wobec zoptymalizowanej czterolekowej terapii z bizmutem różnica przestaje być istotna (RR 1,04; 0,99–1,09) 25. Argumentem pozostaje racjonalna antybiotykoterapia i korzyść w podgrupie zakażonej szczepem opornym, a nie sam wzrost odsetka eradykacji.

05Propozycja: protokół HpFFPE-R

Algorytm HpFFPE-RCzterostopniowy protokół refleksowy: materiał, morfologia, oporność, raport.1 · MATERIAŁ2 · MORFOLOGIA3 · OPORNOŚĆ4 · RAPORTTrzy pojemnikiA — antrum ×2 · I — wcięcie kątowe×1 · C — trzon ×2. Osobneoznakowanie jest warunkiemwyliczenia stopnia.UtrwalenieFormalina 10% zbuforowana, 6–48 h.Stężenie 20% obniża powodzeniesekwencjonowania do 35%.Hp-PAQIwskaźnik jakości przedanalitycznejantrum i trzon w osobnychpojemnikachco najmniej 4 wycinkiIPP odstawione ≥ 14 dniantybiotyk i bizmut ≥ 4tygodnieutrwalenie 6–48 h, formalinazbuforowana5 pkt — wynik ujemny wiarygodny3–4 pkt — wiarygodność ograniczona≤ 2 pkt — ujemny nie wyklucza zakażeniaH+E — pięć parametrów SydneyStopnie 0–3 osobno dla antrum i trzonu;wynikiem są stopnie OLGA i OLGIM.Czy widoczne bakterie w H+E?taknieCzy jest powód, by szukać dalej?Zapalenie przewlekłe lub czynne · zanik albometaplazja jelitowa · IPP lub antybiotyk wwywiadzie · kontrola po eradykacjiGiemsa — barwienie dodatkoweNie wykonywać wyprzedzająco na każdym wycinku;brak zapalenia = zerowa wydajność.Odczyn immunohistochemicznyWskazany przy skąpej kolonizacji, po leczeniui przy zaniku z metaplazją.Wynik ujemny — z zastrzeżeniemPodaj metodę, jej granicę wykrywalności orazpunktację Hp-PAQI.Kiedy sięgnąć po badanie molekularneNiepowodzenie eradykacji ·planowany schemat zklarytromycyną · stopieńOLGA/OLGIM III–IVPCR genu 23S rRNA z bloczkaAmplikon ≤ 150 pz, kontrolainhibicji, wykrywanie populacjimieszanej. Materiał: ten sambloczek.Mutacje raportowaneA2142G · A2143G · A2142C. Podajkonwencję numeracji —współistnieją cztery.Czego NIE raportowaćMetronidazol (κ 0,56) iamoksycylina (κ 0,21) — zgodnośćgenotypu z fenotypem zbyt niska.Wynik ujemny nie wykluczaoporności: część szczepów opornychnie ma żadnej z trzech mutacji.KARTA TRZECHODPOWIEDZI1Czy jest zakażenie?Status, gęstość w skali0–3, użyta metoda i jejgranica wykrywalności.2Jakie jest ryzyko?Stopień OLGA i OLGIM(0–IV) — obowiązkowo oba,z podtypem metaplazji.3Czy klarytromycynazadziała?Genotyp 23S rRNA albojawna adnotacja, żebadania nie wykonano idlaczego.Raport bez którejkolwiek ztych odpowiedzi jest niepełny— nawet jeśli jest poprawny.
Ryc. 4. HpFFPE-R — proponowany algorytm refleksowy dla laboratorium szpitalnego. Cztery etapy: przyjęcie materiału z oceną jakości przedanalitycznej (Hp-PAQI), ścieżka morfologiczna z barwieniem dodatkowym uruchamianym warunkowo, oznaczenie genotypu oporności z tego samego bloczka oraz raport odpowiadający na trzy pytania.Opracowanie własne (propozycja autorska). Poszczególne elementy oparto na 1,3,5,11,18,20; sam algorytm i wskaźnik Hp-PAQI nie były dotąd publikowane i wymagają walidacji prospektywnej.

Sens wskaźnika Hp-PAQI jest następujący. Inhibitory pompy protonowej nie tyle zabijają bakterię, ile przesuwają ją proksymalnie: po czterech tygodniach omeprazolu bakterie zniknęły z wycinków z antrum u 12 z 29 chorych (41%), pozostając w trzonie u 26 z 29 18. Podobnie zanik z metaplazją wypiera bakterię z okolicy zmienionej 19. Wynik ujemny uzyskany z samego antrum u chorego leczonego IPP nie jest wynikiem ujemnym — jest wynikiem niediagnostycznym, i raport powinien to mówić wprost.

06Co z tego wynika dla pracowni

Wnioski tej pracy są raczej organizacyjne niż technologiczne. Trzy najsilniejsze liczby — 6,0% wobec 14,8% wykrywalności 5, κ 0,04 wobec 0,64 zgodności 17 i 41% wyników fałszywie ujemnych z antrum pod wpływem IPP 18 — nie dotyczą nowego odczynnika ani aparatu, lecz pojemnika, godziny w skierowaniu i wspólnego przeglądu preparatów.

Tab. 1. Co da się wdrożyć bez nowego sprzętu. Pierwsze cztery pozycje nie wymagają żadnych zakupów, a jedynie zmiany procedury.
Zmiana w praktycePodstawaNakładOczekiwany efekt
Rozdzielić wycinki do trzech oznakowanych pojemników (A / I / C)4,5dwa dodatkowe pojemnikiwykrywalność 6,0% → 14,8%; możliwość wyliczenia stopnia OLGA
Wymagać na skierowaniu godziny pobrania i sposobu utrwalenia28zmiana wzoru skierowaniaobowiązek prawny; warunek policzenia wskaźnika Hp-PAQI
Zastąpić barwienie wyprzedzające barwieniem warunkowym11,12zmiana proceduryzerowa wydajność barwień w materiale bez zapalenia 12
Raportować stopnie OLGA i OLGIM łącznie, z podtypem metaplazji3,8,9zmiana wzoru raportustopień III–IV wyznacza chorych do nadzoru co 3 lata
Wprowadzić kwartalną sesję uzgodnieniową dla oceny zaniku17ok. 2 godziny pracyzgodność ocen κ 0,04 → 0,64
Uruchomić oznaczanie 23S rRNA z bloczka dla wskazań z ryc. 420,21termocykler i zestaw CE-IVDzgodność z antybiogramem 94,1%, wynik w godzinach zamiast tygodni
Odsyłacze wskazują pracę, z której pochodzi liczba, a nie zalecenie towarzystwa naukowego.
Ograniczenia
  • HpFFPE-R i Hp-PAQI są propozycją autorską, niewalidowaną prospektywnie; progi punktowe wymagają kalibracji na materiale własnym.
  • Wskaźnik przypisuje pięciu pozycjom równą wagę, choć rozdział pojemników i ekspozycja na IPP ważą więcej niż pozostałe 5,18.
  • Ujemny genotyp nie wyklucza oporności; brak programu oceny zewnętrznej dla H. pylori nie zwalnia z obowiązku ustawowego 28.

Wkład autorski i zastrzeżenia. Algorytm HpFFPE-R oraz wskaźnik Hp-PAQI są autorską propozycją porządkującą; nie były przedmiotem walidacji prospektywnej i nie stanowią zaleceń towarzystwa naukowego. Wszystkie dane liczbowe pochodzą z prac wymienionych w piśmiennictwie i opatrzono je odsyłaczami w miejscu użycia.

Ryciny. Wszystkie ryciny są oryginalne i wygenerowane programowo. Ryc. 1 to rysunki schematyczne — nie są mikrofotografiami; ryc. 2 nie zachowuje proporcji anatomicznych. Konflikt interesów: nie zgłoszono. Finansowanie: brak.

07Piśmiennictwo
  1. Malfertheiner P, Megraud F, Rokkas T i wsp. Management of Helicobacter pylori infection: the Maastricht VI/Florence consensus report. Gut. 2022;71(9):1724–62.
  2. Jaroń K, Pietrzak A, Daniluk J i wsp. Rekomendacje diagnostyczno-terapeutyczne zakażenia Helicobacter pylori. Zalecenia Grupy Roboczej Polskiego Towarzystwa Gastroenterologii. Prz Gastroenterol. 2023;18(3):225–48.
  3. Dinis-Ribeiro M, Libânio D, Uchima H i wsp. Management of epithelial precancerous conditions and early neoplasia of the stomach (MAPS III). Endoscopy. 2025;57(5):504–54.
  4. Dixon MF, Genta RM, Yardley JH, Correa P. Classification and grading of gastritis. The updated Sydney System. Am J Surg Pathol. 1996;20(10):1161–81.
  5. Lash JG, Genta RM. Adherence to the Sydney System guidelines increases the detection of Helicobacter gastritis and intestinal metaplasia in 400 738 sets of gastric biopsies. Aliment Pharmacol Ther. 2013;38(4):424–31.
  6. Isajevs S, Liepniece-Karele I, Janciauskas D i wsp. The effect of incisura angularis biopsy sampling on the assessment of gastritis stage. Eur J Gastroenterol Hepatol. 2014;26(5):510–3.
  7. Genta RM, Graham DY. Comparison of biopsy sites for the histopathologic diagnosis of Helicobacter pylori: a topographic study of H. pylori density and distribution. Gastrointest Endosc. 1994;40(3):342–5.
  8. Rugge M, Genta RM, Fassan M i wsp. OLGA gastritis staging for the prediction of gastric cancer risk: a long-term follow-up study of 7436 patients. Am J Gastroenterol. 2018;113(11):1621–8.
  9. Capelle LG, de Vries AC, Haringsma J i wsp. The staging of gastritis with the OLGA system using intestinal metaplasia as an alternative for atrophic gastritis. Gastrointest Endosc. 2010;71(7):1150–8.
  10. Laine L, Lewin DN, Naritoku W, Cohen H. Prospective comparison of H&E, Giemsa, and Genta stains for the diagnosis of Helicobacter pylori. Gastrointest Endosc. 1997;45(6):463–7.
  11. Batts KP, Ketover S, Kakar S i wsp. Appropriate use of special stains for identifying Helicobacter pylori: recommendations from the Rodger C. Haggitt Gastrointestinal Pathology Society. Am J Surg Pathol. 2013;37(11):e12–22.
  12. Pittman ME, Khararjian A, Wood LD, Montgomery EA. Prospective identification of Helicobacter pylori in routine gastric biopsies without reflex ancillary stains. Hum Pathol. 2016;58:90–6.
  13. Lash RH, Genta RM. Routine anti-Helicobacter immunohistochemical staining is significantly superior to reflex staining protocols for the detection of Helicobacter in gastric biopsy specimens. Helicobacter. 2016;21(6):581–5.
  14. Andrew A, Wyatt JI, Dixon MF. Observer variation in the assessment of chronic gastritis according to the Sydney system. Histopathology. 1994;25(4):317–22.
  15. Chen XY, van der Hulst RWM, Bruno MJ i wsp. Interobserver variation in the histopathological scoring of Helicobacter pylori related gastritis. J Clin Pathol. 1999;52(8):612–5.
  16. Salazar BE, Pérez-Cala T, Gomez-Villegas SI i wsp. The OLGA-OLGIM staging and the interobserver agreement for gastritis screening. Virchows Arch. 2022;480(4):759–69.
  17. Interobserver variability in the application of the revised Sydney classification for gastritis. Hum Pathol. 2000;31(2):185–8.
  18. Logan RP, Walker MM, Misiewicz JJ i wsp. Changes in the intragastric distribution of Helicobacter pylori during treatment with omeprazole. Gut. 1995;36(1):12–6.
  19. Kang HY, Kim N, Park YS i wsp. Progression of atrophic gastritis and intestinal metaplasia drives H. pylori out of the gastric mucosa. Dig Dis Sci. 2006;51(12):2310–5.
  20. Hulten KG, Genta RM, Kalfus IN i wsp. Comparison of culture with antibiogram to next-generation sequencing using isolates and FFPE gastric biopsies. Gastroenterology. 2021;161(5):1433–42.
  21. Nezami BG, Jani M, Alouani D i wsp. Helicobacter pylori mutations detected by next-generation sequencing in FFPE gastric biopsies are associated with treatment failure. J Clin Microbiol. 2019;57(7):e01834-18.
  22. Schmitt BH, Regner M, Mangold KA i wsp. PCR detection of clarithromycin resistance in Helicobacter pylori from FFPE gastric biopsies. Mod Pathol. 2013;26(9):1222–7.
  23. Versalovic J, Osato MS, Spakovsky K i wsp. Point mutations in the 23S rRNA gene of Helicobacter pylori associated with different levels of clarithromycin resistance. J Antimicrob Chemother. 1997;40(2):283–6.
  24. Mégraud F, Bruyndonckx R, Coenen S i wsp. Helicobacter pylori resistance to antibiotics in Europe in 2018 and its relationship to antibiotic consumption in the community. Gut. 2021;70(10):1815–22.
  25. Nyssen OP, Espada M, Gisbert JP. Empirical vs. susceptibility-guided treatment of Helicobacter pylori infection: a systematic review and meta-analysis. Front Microbiol. 2022;13:913436.
  26. Turashvili G, Yang W, McKinney S i wsp. Nucleic acid quantity and quality from paraffin blocks. Exp Mol Pathol. 2012;92(1):33–43.
  27. Prentice LM, Miller RR, Knaggs J i wsp. Formalin fixation increases deamination mutation signature. PLoS One. 2018;13(4):e0196434.
  28. Ustawa z 15 września 2022 r. o medycynie laboratoryjnej, art. 21 (Dz.U. 2022 poz. 2280); Rozporządzenie MZ z 18 grudnia 2017 r. w sprawie standardów w patomorfologii, § 3 ust. 7 (Dz.U. 2017 poz. 2435).
  29. Krzyżek P, Pawełka D, Iwańczak B i wsp. High primary antibiotic resistance of Helicobacter pylori in pediatric and adult patients in Poland, 2016–2018. Antibiotics (Basel). 2020;9(5):228.